El establecimiento abrió sus puertas a la comunidad en 1938. Su nombre honra la memoria del destacado piloto de la Armada Nacional, Luis Pardo Villalón, quien comandó la escampavía Yelcho en el rescate de 22 personas que quedaron atrapadas en los hielos antárticos durante una travesía liderada por el explorador británico Sir Ernest Shackleton, cerca de la Isla Decepción, en el crudo invierno de 1916. En sus inicios, el establecimiento, que en ese entonces se llamaba Escuela Superior de Niñas Presidente Balmaceda, fue construido en albañilería de dos pisos, en el mismo terreno que ocupa hoy. Tras el terremoto de 1985, la escuela evidenció daños en su infraestructura, razón por la cual temporalmente debió funcionar en salas de madera hasta que se levantaron los actuales pabellones, que son de material concreto, y que fueron finalmente inaugurados el 20 de enero de 2010, dando con ello, un impulso renovador a la institución con su ingreso, en norma, a la Jornada Escolar Completa Diurna.
En el año 1986 pasó a ser parte de la administración político administrativa de la Municipalidad de Santiago, a través del Decreto Cooperador N° 433/1986.
A partir del año 2015 se inicia otro hito pedagógico importante, la implementación progresiva del Proyecto de Inclusión Escolar PIE, que permite, dar atención diferenciada y focalizada a los niños y niñas con Necesidades Educativas Especiales. El proyecto se instala en plenitud en el año 2018 con la contratación de una terapeuta ocupacional, conformando así un cuerpo multidisciplinario de especialistas que tendrá gran impacto en la mejora educativa de la institución. Junto con ello se instala la iniciativa de co-docencia para primero y segundo año básico cuyo objetivo es fortalecer el desempeño docente en el primer subciclo básico, particularmente los relacionados con el aprendizaje de la lengua escrita.
Como parte de este proceso modernizador cabe mencionar que, en el año 2016, la Ilustre Municipalidad de Santiago implementa la Ley Nº20.501 de Calidad y Equidad de la Educación y llama a concurso por Alta Dirección Pública a la dirección de la escuela, con lo cual se inicia un nuevo ciclo institucional, caracterizado por la normativa que impone requisitos de calidad para la gestión educativa y el logro de metas anuales, a partir del cumplimiento de un Convenio de Desempeño firmado por el director (a) para 5 años.
La escuela en la actualidad, está inserta en una amplia red de instituciones con las que se vincula y que colaboran en distintas áreas: salud, apoyo psicosocial, deportivo y técnico curricular.
En el año 2018 la Agencia de Calidad del Mineduc, realiza una visita que acompaña un proceso de autoevaluación de la gestión que fue significativo en cuanto permitió el reconocer a la escuela con capacidad de hacer un diagnóstico participativo y acertado de sus nudos críticos, de hacer un monitoreo de la gestión pedagógica y analizar aspectos cuantitativos; también significó identificar oportunidades de mejora.
En la actualidad, la escuela está categorizada por la Agencia de Calidad como escuela de nivel Medio, teniendo el reconocimiento de SNED esto de acuerdo al sostenido progreso en las últimas evaluaciones SIMCE, que ubica a los estudiantes en niveles de desempeño esperados, tanto en lo académico, como en los indicadores de Desarrollo Personal y Social, según el contexto social en el que la escuela está inserta.
